È passato un anno da quando Hiccup, ora capo di Berk, ha realizzato il suo sogno di creare una società pacifica, dove uomini e draghi vivono insieme. Anche se Hiccup è contento degli eventi attuali, le sue missioni costanti con Sdentato, Astrid, sua madre Valka e la loro banda di Cavalieri di Draghi, nel salvare draghi dai vari cacciatori hanno fatto diventare Berk sovrappopolata di draghi. In una particolare missione, Hiccup e i suoi mancano un drago, una Furia Chiara (sottospecie della Furia Buia) che può diventare invisibile. I suoi rapitori consegnano il drago a un malvagio cacciatore di draghi chiamato Grimmel il Grifaio, che promette di usarlo per dare la caccia a Sdentato e consegnarlo ai cacciatori.

Giorni dopo, Sdentato e la Furia Chiara si incontrano, e Sdentato ne è immediatamente attratto, ma è disilluso quando la Furia Chiara scappa da lui non appena si accorge della presenza di Hiccup. Il giorno seguente, Hiccup e Sdentato nel cercare la Furia Chiara, si imbattono in una delle trappole di Grimmel, che indica loro che il cacciatore si trova nella zona. Infatti, quella notte, Grimmel visita Hiccup, minacciando di portargli via tutto ciò che ama se non gli consegna Sdentato e rivelandogli che è stato lui ad uccidere tutte le Furie Buie. Gli rivela anche che vedere umani e draghi che collaborano è la cosa che odia di più in assoluto. Il cacciatore viene colto di sorpresa da un attacco dei Cavalieri di Draghi, ma riesce a scappare. Dopo questo fatto, Hiccup si rende conto che lui, la sua gente e i loro draghi, devono spostarsi in un luogo più sicuro, di cui il padre Stoick una volta gli parlò: un mondo nascosto dove vivono e provengono tutti i draghi.

La gente e i draghi di Berk seguono Hiccup verso il Mondo Nascosto, facendo arrabbiare i cacciatori che trovano Berk vuota, e che iniziano a stancarsi dei lenti progressi di Grimmel nella questione della consegna di Sdentato. Intanto i vichinghi trovano rifugio in una nuova isola più grande per loro e per i loro draghi dove poter riposare, ma presto si sentono a loro agio e decidono di rimanere lì fin quando possibile. Sdentato incontra ancora la Furia Chiara, e dopo che lei alla vista di Hiccup fugge un'altra volta, il ragazzo capisce che è giunto il momento di dare indipendenza al suo amico drago per permettergli di incontrare liberamente la Furia Chiara anche senza di lui. Così ricrea la protesi automatica per la coda di Sdentato così che possa volare da solo e se ne va con la Furia Chiara, che lo porta nel Mondo Nascosto.

Nel frattempo, Valka mette in guardia i Cavalieri di Draghi dell'imminente arrivo di Grimmel e del suo esercito. Hiccup, deciso a fermare Grimmel una volta per tutte, lancia una missione per catturarlo, ma vengono attaccati e catturati a loro volta, ma fortunatamente riescono tutti a scappare, tranne Testabruta, che viene fatta prigoniera. Ma subito dopo la ragazza viene rilasciata e torna dagli altri, inconsapevole del fatto che Grimmel l'abbia seguita per scoprire dove si trova la Nuova Berk.