Gene è un emoji che vive a Messaggiopoli, una città digitale all'interno del cellulare dell'adolescente Alex. I genitori di Gene rappresentano l'emoji "bah" (indifferenti a tutto e tutti) e lui dovrebbe seguire i loro passi nonostante sia in grado di rappresentare molte più espressioni, motivo per cui gli altri non lo accettano mentre lui desidera essere un emoji che lavora.
Nel suo primo giorno di lavoro, Gene sbaglia le espressioni mentre viene scannerizzato per essere inviato nel campo di testo di Alex e manda in tilt il centro messaggi. Dopo poco, viene chiamato da Smile, la prima emoji inviata dal telefono di Alex e supervisore di sistema. Smile, convinta che Gene sia difettoso, decide di cancellarlo grazie a dei bot anti-virus per evitare che Alex perda fiducia nel telefono e di conseguenza faccia cancellare il mondo digitale all'interno di esso. Gene riesce a fuggire dai bot assieme a Ghimmifive, una mano che batte il cinque che nel frattempo tentava di intrufolarsi nella festa dei preferiti, in quanto fino a qualche settimana prima era fra i simboli preferiti di Alex. Mentre Gene e Ghimmifive sono rintanati nello scantinato, (posto dove le emoji che non vengono più usate si divertono) giungono alla conclusione di aver entrambi bisogno di un hacker per poter realizzare i loro sogni: Gene sarà riprogrammato e potrà finalmente diventare un vero "bah" e Ghimmifive ritornerà fra i preferiti. L'hacker di cui parlano si trova nell'app pirateria e si chiama Rebel.

Evitando i bot in giro per Messaggiopoli, i due escono dall'app di messaggistica ritrovandosi nello sfondo del telefono alla ricerca di Rebel, che di recente ha fatto uscire un emoji principessa dal telefono e ora vive nel Cloud. Appena dopo una brevissima visita in Facebook, Gene ritiene che sia meglio avere degli amici reali anziché delle persone che non ha mai conosciuto davvero. Nel frattempo, i genitori di Gene decidono di cercarlo nello sfondo del telefono (luogo di collegamento fra tutte le app del telefono) per riportarlo indietro prima che lo trovino i malvagi bot di Smile, ma i due sono seguiti da quest'ultimi. Intanto Gene e Ghimmifive entrano nell'app pirateria, dove sono convinti di trovare Rebel. I bot setacciano anche l'app pirateria nel momento in cui i due protagonisti stanno cercando di convincere Rebel (che loro scoprono essere una emoji) ad aiutarli.

Quando Gene vede i bot, fa espressioni diverse e Rebel si convince ad aiutarli. Uno dei bot li vede e li insegue. I tre riescono a fuggire dall'app pirateria grazie a un passaggio segreto conosciuto a Rebel mentre i bot cancellano la maggior parte dei troll e dei virus che la popolano. Gene, Ghimmifive e Rebel si ritrovano nel gioco di Candy Crush, con cui dovranno interagire per riuscire a salvare Gene, bloccato all'interno dello schema di gioco, per poter andare avanti. Nel frattempo Alex fissa un appuntamento con il supporto tecnico per farsi sistemare il telefono che ultimamente si comporta in modo strano e Smile tenta in tutti i modi di tranquillizzare le emoji presenti in sala riunioni. Mentre Gene, Ghimmifive e Rebel attraversano Candy Crush, Rebel spiega ai due che conosce una scorciatoia che li porterà a Just Dance, un'app vicina a Dropbox, dove riusciranno finalmente ad entrare nel Cloud, luogo dove troveranno il codice sorgente per riprogrammare Gene e farlo diventare un vero "bah". Ella spiega anche che prima di poter accedere al Cloud dovranno oltrepassare il firewall, che usa il riconoscimento facciale. Rebel afferma di aver già tentato di oltrepassarlo in passato, ma senza successo, avendo sbagliato la password e ora è chiusa fuori a vita. È per questo motivo che successivamente lei dirà che in realtà è Gene ad aiutarla, lo stesso motivo per cui ha accettato di aiutare Gene e Ghimmifive: perché lei sta tentando di superare il firewall da diversi mesi, ma ora che c'è Gene che riesce a fare facce diverse la probabilità di riuscita sono promettenti.
I genitori di Gene provano a vedere se lui è su YouTube. Dopo non molto, i due hanno una discussione mentre si accorgono di essere seguiti e la madre di Gene, Barbara, decide di proseguire da sola dopo aver seminato i bot facendoli incantare davanti a un video ripetitivo in YouTube. Intanto il trio sta percorrendo un tunnel che li porterà in Just Dance. È in questo momento che Rebel confessa che in realtà è Gene che la sta aiutando, per via del firewall. Lei vuole uscire dal telefono e vivere nel Cloud perché nel telefono ci sono troppe regole mentre il Cloud è un posto libero, meraviglioso e paradisiaco dove si può essere chiunque si voglia. Inoltre, Gene crede di non ricordare l'esistenza dell'emoji di un hacker, ma Rebel non da' alcuna risposta. Il trio dovrà superare l'app di Just Dance e per farlo si cimenterà in alcuni balli. Gene e Rebel ballano vicini e mentre Rebel fa una giravolta le vola via quella che sembra essere una parrucca, rivelando a tutti che in realtà è lei l'emoji principessa, solo che non è ancora riuscita ad uscire dal telefono e ha finto di essere un hacker agli occhi di tutti anche se stava effettivamente cercando di hackerare nella speranza di superare l'unico ostacolo fra lei e il suo sogno di libertà: il firewall.

Durante il ballo entrano nell'app i bot, che iniziano a ballare per poter così avanzare e raggiungere Gene. Purtroppo nel frattempo, Alex disintalla Just Dance perché gli sta facendo fare una brutta figura in classe. Mentre l'app viene cancellata e buttata nel cestino, tutti coloro che si trovano al suo interno cercano di scappare. Solo Gene e Rebel si salvano, ma Ghimmifive viene preso da un bot e trascinato via. Alex sposta un'app verso il posto vuoto appena creato. Rebel insiste con Gene per andare avanti e abbandonare Ghimmifive, tanto è vero che Dropbox è ad appena un passo da loro, ma Gene insiste a sua volta affermando di non volerlo lasciare, che non permetterà che venga cancellato entro la fine della giornata e non ha importanza quanto sia distante. Rebel pensava che ognuno dovesse mettere sé stesso al primo posto ma Gene la fa ragionare chiedendole "e a cosa serve essere il numero uno se non ci sono altri numeri?". Rebel rivela a Gene che le piace che lui sia così come è. Così, i due intraprendono un viaggio attraverso Spotify.

Nella sala riunioni sono tutti turbati per la messa fuori gioco dei bot anti-virus ma Smile, infuriata, ha un asso nella manica: il cosiddetto "aggiornamento illegale", che usa su un normale bot, ma diventa molto più grande e forte di quelli precedenti. Nel cestino, Ghimmifive si dispera come non mai. Nel frattempo, Gene e Rebel navigano letteralmente sulla superficie dei flussi audio delle canzoni di Spotify. In un certo momento Gene chiede a Rebel se è vero che quando una principessa fischietta gli uccelli scendono dal cielo, ma lei lo nega in modo molto deciso. Rebel gli ricorda che una ragazza emoji può essere soltanto una principessa oppure una sposa ed è per questo che vuole andare a vivere nel Cloud. In questi momenti i due provano sentimenti molto grandi e profondi, tuttavia sono quasi giunti a destinazione.
Intanto Ghimmifive trova una vecchia mail che Alex non ha mai inviato, dove alla fine del testo c'è proprio lui e che fa il suo lavoro: una mano che batte il cinque. La mail riguardava i sentimenti che Alex prova nei confronti di una sua compagna di classe, Addie, con cui non riesce a fare belle figure per colpa del suo cellulare. Gene giunge finalmente per tirare fuori Ghimmifive dal cestino e Rebel tira la corda e li riporta indietro sani e salvi. Intanto Barbara, la madre di Gene, sta provando a cercarlo dentro Instagram e finisce nell'album di Alex "vacanza in Francia". In quel momento appare Bart, il padre di Gene e si scusa perché non è colpa di lei ciò che è accaduto, ma sua. Infatti Bart ha lo stesso difetto di Gene: può avere diverse espressioni ed è per questo che Gene è nato così, tuttavia quelle espressioni erano nascoste dentro di lui, sono venute fuori soltanto nel momento di massima tristezza fra il pensiero di aver perso sia lei che Gene. I due tornano di nuovo a cercare Gene, stavolta insieme.