La storia inizia 5 anni dopo gli eventi narrati nel primo episodio. I vichinghi e i draghi vivono in armonia e si divertono a gareggiare in un gioco denominato "corse di draghi". Mentre si svolge una di queste competizioni, Hiccup vola insieme a Sdentato alla ricerca di nuove terre. Dopo essere atterrati su una scogliera il drago e il ragazzo vengono raggiunti da Astrid, la fidanzata di Hiccup. I due parlano e Hiccup le confessa che non è pronto a diventare il capo di Berk, cosa desiderata dal padre Stoick. Infine i due, assieme ai loro draghi, partono per esplorare un luogo appena scoperto da Hiccup e trovano un'immensa parete di ghiaccio cosparsa di travi spezzate. Tuttavia l'Uncinato mortale di Astrid viene catturato da un gruppo di cacciatori di draghi, guidati dall'abilissimo Eret che incolpa i ragazzi della distruzione della sua casa. Eret dice loro che esistono altri cavalieri di draghi e parla di un drago che sputa ghiaccio. I ragazzi scoprono anche che lui cattura i draghi per darli a un certo Drago Bludvist il quale sta creando un esercito. Dopo essere fuggiti dai cacciatori, Hiccup e Astrid tornano a Berk e parlano a Stoick di ciò che hanno appena passato, ottenendo solo qualche rimprovero di Stoick. Ma appena Hiccup fa il nome di Drago Bludvist, Stoick, dice con terrore a Hiccup che Drago non è altro che un pazzo pericoloso senza coscienza né pietà col quale non si può ragionare ed e meglio sbrigarsi a preservare il popolo di Berk dall'imminente guerra. Fa preparare gli abitanti ed erige misure di sicurezza di ogni genere. Ma Hiccup, convinto di poter far ragionare Drago, scappa insieme a Sdentato, Astrid e il suo drago. Hiccup si fa catturare dai cacciatori per farsi portare da Drago ma il suo tentativo viene stroncato da Stoick che con l'aiuto di Skaracchio e degli altri ragazzi ribaltano la situazione. A seguire le proteste di Hiccup, Stoick parla ai presenti di Drago Bludvist, uno straniero dal passato ignoto, presentatosi molti anni prima al consiglio dei re dicendo loro che lui, essendo l'unico ad avere il controllo dei draghi li avrebbe salvati da questi solo in cambio della loro sottomissione a lui. Ma non essendo preso seriamente da nessuno, egli scatenò alcuni draghi coperti da corazze i quali rasero al suolo la sala del consiglio e uccidendo tutti i presenti a parte Stoick, salvatosi per miracolo. Ma Hiccup irritato dai rimproveri del padre e sempre convinto di poter far ragionare Drago, scappa insieme a Sdentato alla ricerca del folle uomo. Durante il tragitto si imbatte in un misterioso cavaliere che risponde al nome di Valka, che subito dopo si rivela essere la sua mamma creduta morta vent'anni prima. Lei spiega al figlio che nel periodo in cui draghi e Vichinghi erano nemici lei ha sempre creduto che questa guerra fosse inutile. Capì che i draghi sono creature gentili proprio quando uno di questi entrò nella sua capanna vicino alla culla dello stesso Hiccup. Ma a causa di un'incursione di Stoick il drago si spaventò e rapì Valka, così tutti credettero che l'avesse uccisa. In realtà Valka visse con il drago che l'ha rapita che addestrò e chiamò Saltanuvole. Ora Valka vive nel cosiddetto "Santuario dei draghi" un luogo dove centinaia di draghi vivono in pace, comandati dall'Alfa, un mastodontico drago chiamato Grande Bestia Selvaggia. Poco dopo Stoick trova Hiccup e, con grande sorpresa e commozione, si riconcilia alla moglie perduta. Così la famiglia di nuovo riunita festeggia, balla e canta, ignara di ciò che la aspetta. Infatti la flotta di Drago Bludvist ha raggiunto il Santuario dei draghi e minaccia di prendersi tutti i draghi. Eret giunge al suo cospetto insieme ad Astrid, Moccicoso, Gambedipesce, Testa di Tufo e Testa Bruta fatti prigionieri, così come i loro draghi. Tuttavia, Astrid, nel tentativo di spaventare Drago, gli rivela l'alleanza tra i Vichinghi di Berk e i draghi, e che Hiccup, come Drago, è in grado di controllarli. Sentendo ciò Drago si infuria con Eret, perché portandoli da lui avrebbe portato tutta Berk con i suoi cavalieri dei draghi, e ordina che venga giustiziato insieme agli altri. Allora Eret si ribella e libera i ragazzi e i loro draghi. Scoperta la flotta di Drago proprio vicino a loro, Hiccup, Stoick, Valka e Skarakkio si preparano a combatterla, insieme ai loro draghi contro quelli di Drago. Durante il combattimento interviene anche la Bestia Selvaggia, e a tal proposito Drago chiama la sua Bestia Selvaggia, ossia l'Alfa dei draghi nemici. I due Alfa combattono in uno scontro fra titani, che si conclude con la vittoria della Bestia Selvaggia nemica, che infilza il drago di Valka con le sue mastodontiche zanne, uccidendolo. Così tutti i draghi rimasti (ad esclusione dei cuccioli) rispondono ai comandi dell'Alfa malvagio. Quest'ultimo, per ordine di Drago, comanda a Sdentato di uccidere Hiccup, ma Stoick s'interpone tra loro e muore al posto del figlio. E mentre l'esercito di Drago (che ora cavalca Sdentato, sotto il controllo dell'Alfa malvagio) si avvia verso Berk, viene celebrato il funerale del povero Stoick. Hiccup, disperato e addolorato, viene rincuorato dalla madre che gli dice che lui possiede il cuore di un capo e l'animo di un drago. Così i ragazzi decidono di tornare a Berk a cavallo di alcuni cuccioli di drago, che non hanno seguito la Bestia Selvaggia, in quanto i cuccioli non rispondono ancora ai comandi. Raggiunta l'isola, semi distrutta dai ghiacci dell'Alfa, il gruppo cerca di distrarlo e grazie ad Hiccup e al potere dell'amicizia Sdentato fuoriesce dal controllo dell'enorme drago e dopo aver disarcionato Bludvist giù dalla propria groppa si ricongiunge con Hiccup. Purtroppo i due vengono sorpresi dalla Bestia Selvaggia di Drago che congela i due in un blocco di ghiaccio. Valka disperata teme di aver perso anche Hiccup, ma il blocco di ghiaccio comincia a brillare di una luce azzurra. Ne fuoriesce Hiccup, sano e salvo, e Sdentato che illuminatosi di blu si scaglia contro la Bestia Selvaggia, colpendola con i suoi colpi al plasma. Colpendola ripetutamente il controllo della Bestia Selvaggia sui draghi comincia a svanire e quest'ultimi passano dalla parte di Sdentato, colpendo tutti insieme L'Alfa, che furioso sta per uccidere Sdentato, ma questo prontamente con un colpo di plasma più potente riesce a spezzare una zanna al nemico. A quel punto l'ormai sconfitta e umiliata Bestia Selvaggia si inchina a Sdentato diventato il nuovo Alfa, mentre il vecchio si ritira in mare trascinando Drago con sé, che nel frattempo si era rifugiato sulla sua groppa. Il film finisce con Hiccup che diventa il capo di Berk, i Vichinghi che festeggiano, Eret che prende il drago di Stoick (per il quale viene eretta una statua) e la voce di Hiccup che conclude il film.