La serie racconta della vita di una piccola fattoria della placida campagna inglese, vivacizzata dall'intraprendenza della pecora Shaun, che coinvolge le altre pecore e gli animali da cortile sempre in nuove avventure, con la frustrazione e talvolta la complicità del cane da pastore Bitzer, che dovrebbe mantenere l'ordine e invece spesso si fa coinvolgere dalle idee di Shaun, e la totale inconsapevolezza dell'allevatore, che non ha alcuna idea di quanto accada nella sua fattoria, anche perché una fortissima miopia spesso gli confonde la percezione della realtà.

Fra gli altri personaggi ricorrenti vi sono: i cattivi maiali che cercano di intromettersi negli eventi, allo scopo di guadagnare qualcosa di cui ingozzarsi, ma anche di disturbare la vita della fattoria; il postino, vittima del cane Bitzer che lo rincorre abbaiando; un toro gigantesco, protagonista di un episodio, ma anche guest star in altre puntate; una famiglia di extraterrestri o le galline.