Una settimana dopo gli attacchi di Quentin Beck in Europa, viene pubblicato un video in cui Beck incolpa Spider-Man della sua morte e rivela la sua identità segreta. Peter e MJ fuggono dai giornalisti e si dirigono verso l'appartamento di Peter, riunendosi con sua zia May e Happy. Con l'appartamento circondato dalla Damage Control, Peter, MJ, May e Ned vengono presi in custodia e interrogati, ma le accuse legali vengono ritirate grazie all'avvocato Matt Murdock. Peter, MJ e Ned tornano a scuola, ma tutte le loro domande di ammissione all'università vengono respinte a causa delle recenti controversie. Peter si consulta allora con Stephen Strange nel Sanctum Sanctorum, chiedendogli di lanciare un incantesimo per far dimenticare a tutti che lui è Spider-Man. Nonostante l'avvertimento di Wong sulle possibili conseguenze, Strange lancia l'incantesimo. Tuttavia, Peter chiede costantemente delle modifiche, interrompendolo prima della riuscita. Irritato, Strange gli ordina di andarsene, dopo avere saputo che non ha provato a contattare l'M.I.T. prima di richiedere l'incantesimo.

Peter cerca di convincere un'amministratrice dell'M.I.T. ad accettare le domande di Ned e MJ, ma viene attaccato dal Dottor Octopus, che strappa la nanotecnologia di Peter dalla sua tuta di Iron Spider, legandola ai suoi tentacoli meccanici. Dopo aver scoperto che quello non è il Peter Parker che conosce, il Dottor Octopus viene privato del controllo delle sue braccia robotiche da Peter, per poi essere catturato e messo in una cella nel Sanctorum, insieme a Curt Connors, catturato da Strange. Quest'ultimo rivela che l'incantesimo ha portato con sé, da ogni parte del Multiverso, coloro che sanno che Peter è Spider-Man. Con l'aiuto di MJ e Ned, Peter cattura Max Dillon e Flint Marko. Altrove, Norman Osborn viene recuperato dopo essere andato nell'ufficio di May in cerca di aiuto. Strange vuole rimandare i cattivi nei loro rispettivi universi, lasciandogli affrontare i loro destini, il che significa, per alcuni di loro, morire combattendo Spider-Man. Tuttavia, Parker vuole curarli e aiutarli prima di rimandarli indietro per evitare le loro morti. Quindi li libera e confina Strange nella Dimensione Specchio dopo un breve combattimento, portando poi il quintetto a casa di Happy.

Peter cura con successo il Dottor Octopus, usando la tecnologia delle Stark Industries per sostituire il suo chip inibitore rotto. Quando vengono trovate le cure anche per Norman e Max, Goblin prende il controllo su Norman prima che gli possa essere somministrata la cura. Goblin convince Max a rimuovere il dispositivo che Parker ha messo su di lui per curarlo e, nonostante gli sforzi di Peter e il Dottor Octopus, gli altri quattro fuggono. In seguito, May viene ferita mortalmente da Goblin, nonostante il tentativo di Peter di salvarla. Nel frattempo, MJ e Ned imparano ad aprire dei portali usando l'anello di Strange, nel tentativo di trovare il loro amico. Invece, trovano altre due versioni di Peter. Ned e MJ trovano il Peter del loro universo, che incontra gli altri Spider-Man, che condividono le loro storie riguardo al perdere i propri cari e lo incoraggiano a combattere in onore della zia May. Collaborano per curare i criminali rimasti e li attirano alla Statua della Libertà. Ned e MJ proteggono l'incantesimo di Strange, mentre gli Spider-Man combattono insieme i loro nemici. In seguito vengono raggiunti dal Dottor Octopus, e riescono a sconfiggere e curare Connors, Dillon e Marko. Dillon si riconcilia con il suo Peter Parker, mentre l'altro Peter si riunisce con il Dottor Octopus.