New York City è terrorizzata dal clan del piede, guidato dal malvagio Shredder. April O'Neil, una giornalista del Channel 6, cerca insieme al suo cameraman Vernon delle prove riguardanti il clan del piede ma fallisce continuamente. La ragazza nota alcuni soldati del clan mentre trasportano materiale tossico nel porto e mentre cerca di filmarli, un misterioso personaggio con un colpo fulmineo li sconfigge tutti disegnando un simbolo giapponese che April riconosce. Dopo averlo raccontato al Channel 6 tutti la scambiano per pazza. Nel frattempo Shredder ordina a sua figlia Karai di prendere degli ostaggi nella metropolitana della città per attirare nuovamente il misterioso giustiziere. April, che si trova tra gli ostaggi, riesce a filmare stavolta quattro giustizieri che sconfiggono i soldati e scappano.

April li insegue fino a un tetto dove scopre che sono quattro tartarughe ninja mutanti adolescenti: Leonardo, Raffaello, Michelangelo e Donatello. Quest'ultimo formatta il telefono della ragazza per cancellare il filmato fatto su di loro, dopo di che scappano nel loro covo dove vengono rimproverati dal loro padre e maestro, ovvero, Splinterche ordina loro di portare April al covo per proteggerla. Intanto April trova un filmato del padre dove in realtà Leonardo, Raffaello, Michelangelo e Donatello erano quattro tartarughine di terra e Splinter un ratto.

Così dopo aver raccontato tutto al suo capo di lavoro, April viene licenziata. A questo punto April va dall'unica persona che può crederla, Eric Sacks, uno scienziato che ha lavorato con il padre quando facevano esperimenti sugli animali. In realtà Sacks lavora per Shredder e mette anche un rilevatore nella tasca della giacca di April che se ne va senza sospettare niente. Le tartarughe conducono April al loro covo dove qui Splinter racconta alla ragazza la verità: quando Kirby O'Neil si accorse che lavorando con Eric Sacks stava lavorando anche per Shredder, distrusse il laboratorio provocando un incendio che lo uccise, mentre April spaventata condusse le tartarughe e Splinter nelle fogne dove erano al sicuro. Ma Splinter tenne nascoste le tartarughe per quindici anni per paura che uscendo fossero derisi o emarginati. Dopo trovò nelle fogne un libro di ninjitsu che insegnò ai suoi "figli".