Boxtrolls si svolge a MonteCacio, un'elegante città dell'epoca vittoriana ossessionata dalla ricchezza, dalle classi e da puzzolentiformaggi. Sotto le sue strade dimorano i Boxtrolls, dei troll immondi che strisciano fuori dalle fogne di notte per rubare ciò che gli abitanti hanno di più caro: i loro figli e i loro formaggi.

Almeno, questo è quello che i residenti hanno sempre creduto. In verità, i Boxtrolls sono una comunità sotterranea di eccentrici, stravaganti e adorabili omini che indossano scatole di cartone riciclato come se fossero gusci di tartaruga. Hanno anche allevato un ragazzo orfano umano fin dall'infanzia come uno di loro.

Quando i Boxtrolls saranno minacciati dallo sterminatore Archibald Arraffa (Archibald Snatcher, voce di Ben Kingsley), si faranno aiutare da un'avventurosa ricca ragazza Winnie (Fanning) per aiutare a collegare due mondi.